知网查重系统是一种专门用于检测学术论文重复率的工具，其检测脚注的原理主要是通过比对脚注文本与已有数据库中的文献信息，识别文本相似度。具体方法包括对脚注内容进行分析、关键词提取、语义匹配等，从而确定脚注是否存在抄袭行为。通过这种方式，知网查重系统能够准确、高效地检测论文中脚注的原创性。

此外，知网查重系统还会结合文献引用、参考文献等信息，综合考量论文整体的学术质量。在检测脚注时，系统会对脚注文本的来源、引用格式、内容与正文的关联等方面进行综合分析，确保论文的学术诚信。同时，用户也可以根据系统提供的检测报告，及时调整论文内容，避免不当引用和抄袭行为，提高学术研究的水平和质量。